朱琏来到北京后，被任命为中央卫生部妇幼卫生局副局长。她心系针灸，曾在中央广播电台讲谈“我与针灸”，充满了对针灸的无限热爱，吸引着越来越多的人开始关注祖国传统医学，关注针灸。当时有不少中央领导干部和群众找她针灸治病，她的家成了不挂牌的针灸门诊部。由于朱琏行政工作繁忙，找她针灸治病的人逐渐增多，难以满足患者的要求，1950年妇幼局成立了妇幼卫生工作大队，大队部设在北京赵登禹路租的一家私人院内，下设针灸小组 ^①，针灸小组开始只有三四个人。

1951年2月15日，《人民日报》发表了由马健行撰写的《中国针灸术治好了“精神分裂症”》的文章，该文登载了朱琏和她的学生许式谦治病的事迹，引起了巨大反响；次日该报刊登《针灸治愈“精神分裂症”的经过》一文，详细介绍了治愈的过程；2月17日至18日该报又连续刊登朱琏《针灸疗法的重要性及其原理》的文章。经连日报道后，要求针灸治病的人更多了，妇幼大队针灸组已不能满足患者的要求，后又临时开设了一个门诊部，最初有9人，后增至13人，但这仍不能满足群众看病的需要，成立专门机构来扩大治疗范围、提高治疗质量，便成了当务之急。在这种情况下，朱琏和她的同事们除了临床治疗大量患者外，还进行着“针灸疗法实验所”建所筹备工作。

3月7日，《人民日报》又发表了《群众迫切要求推广针灸疗法》一文，提出开办针灸学习班及增设针灸门诊的需求；同日中央卫生部召开“针灸疗法”座谈会，邀请在京的中西医专家和有关负责人20余人参加，朱琏在会上发言说：“要做好针灸的研究与提高工作，中西医必须很好的团结起来，在政府的领导下，分工合作”。会议委托朱琏负责针灸研究的指导工作。之后，朱琏受聘北京中医学会针灸研究专门委员会名誉主任委员。

3月，朱琏编撰的《新针灸学》由人民出版社出版发行（增订新版后又于1954年10月由人民卫生出版社出版），受到国内外的广泛关注和高度评价，被译成多个国家的文字出版。朱德亲自为该书题词：“中国的针灸治病，已有几千年的历史，他在使用方面，不仅简便经济，对一部分疾病确有疗效，这就是科学，希望中西医团结改造，更进一步地提高其技术与科学原理。”董必武还为该书写了序言，其中提道：“朱琏同志是学西医的，她用科学的方法研究针灸术多年，很有心得，想把这番心得写成一书问世，我鼓励她这样做。”毛泽东主席在1955年与朱琏的一次谈话中，提到《新针灸学》一书，主席不但将该书全看了，而且颇为赞同其中说到的针灸与现代医学理论发展的关系 ^①：“巴甫洛夫的高级神经活动学说的理论，对针灸治病的神秘提供了解释的钥匙，反过来针灸又能够给它提供丰富的实际材料。如进一步研究，一定可以发挥更大的效果，丰富与充实现代的医学。研究针灸，对医学理论的改革将发生极大的作用。”

1951年7月，在朱琏的倡导与努力下，政务院文教委员会批准成立中央人民政府卫生部针灸疗法实验所；8月2日，暂设在北京市东城区帅府胡同4号院，正式挂牌宣布成立；10月20日，卫生部下批文任命妇幼卫生局副局长朱琏兼任针灸疗法实验所主任（首任所长）。

在针灸疗法实验所的初创时期困难很多，人员编制较少，条件也甚为艰苦。1952年1月，朱琏在董必武副主席和她的丈夫政务院陶希晋副秘书长的帮助下，向中央政法委暂借了西城区羊肉胡同的一个四合院，虽临时借住，但工作条件较之以前帅府胡同有所改善。1953年春，针灸疗法实验所面临被撤销的危险——卫生部党组决议要把实验所并入到中央卫生研究院，在这紧要关头，朱琏想方设法，通过各种途径进行挽救，她还曾向时任中共中央宣传部部长兼政务院文教委员会副主任的习仲勋写信 ^②求助等，经过多方努力最终使针灸疗法实验所得以保留。其间及其后，实验所经历了居无定所、东城西城来回地址迁移等艰难曲折的发展历程。但针灸疗法实验所在朱琏的领导下，初创4年里仍取得了很多成就：如设有“高干外宾治疗室”，专为高干和外国友人提供针灸治疗与保健服务；与西医医学机构合作开展针灸科学研究，完成了疟疾、高血压等8种病的临床治疗研究，还以针灸对人体胃蠕动的影响观察为重点，进行临床生理研究；在临床治疗方面，主要以门诊为主，共接受16万多名病人的诊治统计，实验所还曾经多次组织针灸医疗研究队伍，到少数民族地区、工矿区和农村为群众治病；在培养针灸人才方面，先后在实验所本部及全国一些地方开办针灸学习班，共计有23个班，学员达1 200余人；另外，实验所和全国各地建立联系的单位有660多个，还和苏联等8个国家开展学术交流等。这一时期，陶希晋对朱琏针灸事业默默地支持，给予了很大的帮助，并提出很多建议，如他对朱琏说：“针灸一方面要有提高学术研究的措施，另一方面须有大刀阔斧的普及推广措施，使两者结合起来。” ^③

1951年夏，朱琏去外地出差，在列车上患急性肠炎，想用灸法自治又没带艾绒，便将香烟卷（朱琏平时吸烟）点燃，对准大肠俞、足三里穴悬起熏烤，病症得到很好的缓解，香烟卷熏灸起到了与艾炷灸同样的疗效，而且使用更为方便，朱琏指示针灸疗法实验所用手工式卷烟机把艾绒卷成纸烟形施行艾灸，并将其定名为“艾卷灸”，这就是后来我们所熟知的“艾条悬起灸法”的来源。

1953年4月，朱琏当选为中华全国民主妇女联合会第二届执行委员（后又于1957年9月当选为第三届执委），还兼任中国保卫儿童委员会委员等职务。

1955年4月14日，毛泽东主席在杭州接见朱琏 ^①（洪敏陪同）。在短暂等候接见的时间里，有关负责人向朱琏讲到了毛主席对针灸工作的相关指示：针灸是中医里面的精华之精华，要好好地推广、研究，它将来发展前途很广。15日晚上主席邀请朱琏等一起共进晚餐，席间毛主席说起了朱琏的《新针灸学》一书，而且颇为赞同其中说到的针灸与现代医学理论发展的关系。席间，毛主席站起来举杯说：“今天，是祝针灸万岁！”接着又说，“针灸不是土东西，针灸是科学的，将来世界各国都要用它。”

1955年6月4日，根据卫生部安排，针灸疗法实验所在朱琏的领导与组织下，举办“全国高等医学院校针灸师资训练班”，以培养高等院校针灸的师资力量 ^②，这是当时“西医学习中医”“团结中西医”及培养高级针灸师资力量的重要教育形式。该班学习时间为半年，学员中有高等医学院校的教授、讲师25人，工矿等单位人员12人，这些学员后来大多数成为全国各地著名的针灸专家。朱琏等亲自执教，学员们经过理论和临床实习后，组织他们参加针灸医疗队进行下乡实践活动，分赴京郊通县、河南开封、山西长治等地。通过实践使学员们得到了充分的锻炼和提高，同时也为农村培养了300多名针灸人才，受到当地党政和群众的热烈欢迎。

1955年冬，林伯渠（时任中央政治局委员）因病手术，术后患上顽固性呃逆 ^③，朱琏在用针灸给林老治疗时，为尽可能保持长时间留针以缓解病痛，发明、赶制了第一根安全留针的横柄针（又称为丁字针或T型针），用此针先后埋入中脘、足三里等穴，林老病情得到很好的控制，并创下了当时有史以来的留针时长纪录。在后续的临床实践中，朱琏等人又研制出皮下针、图钉形针等“安全留针法”专用针具。

1955年12月19日，在毛泽东主席和党中央的关怀和指示下，也在朱琏等老一辈创业者的艰苦努力下，中医研究院宣告正式成立，曾与朱琏一起在延安跟随任作田学习针灸的鲁之俊任中医研究院院长，朱琏任副院长。中医研究院成立前的筹备过程是艰难、漫长的，朱琏为此所做的工作是繁复而关键的，但她没有“自矜己德”，推荐鲁之俊做了院长 ^①。朱琏和鲁之俊有着深厚的、真挚的友谊，他们曾经是战争年代患难与共的同行与战友。在反右斗争中，鲁之俊曾被“错划”，朱琏不顾个人安危去找毛泽东主席说明情况，为鲁给予及时正名 ^②。

随着中医研究院的成立，“中央卫生部针灸疗法实验所”正式更名为“中医研究院针灸研究所”，朱琏兼任针灸研究所所长。针灸研究所的组建是以针灸疗法实验所为基础，并与北京中医进修学校的基础部分、华北中医实验所针灸科三处合一使其得到充实和扩大。针灸研究所在朱琏的领导下，其工作重点由临床医疗开始逐步向科学研究转变，基础科研得到加强并逐步走向正规，且与中国医学科学院等多单位进行科研协作，临床研究也扩大了病种和加强了深度。医疗方面，由于人员和环境条件的改善，临床门诊量成倍地增长，除普通门诊外，仍然为中央领导及外宾开展治疗和保健工作，这一直是1951年创所以来的一项重要任务。陆续开设了各类针灸培训班，加强西医学习中医，满足人们对针灸疗法日益增长的需求，老中医“师带徒”为针灸的教育培训开创了更广阔的前景。朱琏本人也言传身教地带出了一批优秀弟子，如许式谦（著名针灸专家）、郭效宗（国家级名老中医）、田从豁（国家级名老中医）、夏玉卿（著名针灸专家）、戴玉勤（著名针灸专家）等。

针灸对外交流日益频繁，仅在1956至1957两年间，来针灸所就诊的外宾，有苏联、匈牙利、罗马尼亚、印度、印度尼西亚、日本、英国等12个国家150余人，说明针灸疗法已经日益受到国际友人的信任和欢迎，罗马尼亚卫生部部长来针灸所参观后，要求能接受他们派医学专家来学习针灸疗法，并说过去对中医不了解，现在才知道中医内容很丰富。

1956年4月，根据中苏技术交流协定，由朱琏主持创办了新中国成立后的第一个“国际针灸学习班”，组织和帮助苏联保健部派来的3名医学专家来华系统考察和培训针灸，时间为3个月。朱琏等制定了考察研究计划，向专家们系统地介绍针灸疗法，并在理论课后进行临床实习，参加针灸研究所的临床治疗等活动。苏联专家组成员在培训结束时，对安排的教学内容极为满意，临别欢送会上专家组成员表示深深的谢意。苏联专家回国后，在苏联开展了大量的针灸临床工作，推广针灸疗法。此后，其他很多国家也派人多次来华学习针灸，并将其在本国推广应用。

1958年4月，朱琏与毛泽东主席在广州会面 ^①（洪敏陪同），见面后毛主席第一句话就问：“办了针灸学院吗？”其实朱琏早在1951年成立针灸疗法实验所时，就有将来建立“针灸实验院”的想法与打算，她的计划是要建立大规模的针灸研究院，附设针灸学院和医院（已拟了针灸研究院草案）。事隔多年，朱琏一直都在为此事积极地努力争取着，毛主席关心针灸研究的发展，也一直记挂这件事。会谈中毛主席详细询问了苏联派来三位医学专家学习针灸的情况和她们回去后开展的工作；询问了针灸治疗疟疾、痢疾、血吸虫工作，及针灸在各省市开展及开办训练班等……之后毛主席说道：“针灸大有名堂！”并感叹道：“中医有几千年的历史了”。毛泽东主席在杭州、广州对朱琏两次历史性接见，对中医、针灸的发展影响深远。这两次会面朱琏向主席详细汇报了针灸进展及应用情况，并反映当时存在的问题，主席得知后作出重要指示，在他的支持与推动下，卫生部对中医、针灸工作有了更好的重视，并出台一系列发展针灸与中医的实际举措，掀起全国“西医学习中医”的高潮。

朱琏领导下针灸研究所的创建过程中，适逢中国社会主义的改造时期，政治相对敏感，各种“运动”此起彼伏，朱琏所长本人在运动中也深受影响。朱琏在1958年“双反”运动、全国中医中药保定会议以及1959年反右倾运动中，均受到了严重的错误批判和审查，缘于朱琏的所谓“一本书主义”“搞独立王国”等。但朱琏对党及针灸事业有着一片赤诚之心，她性格刚毅、为人正直，在这些运动中不低头，也不接受一些莫须有的“罪名”。1960年10月的运动后期，朱琏选择了与陶希晋一起下放广西南宁，她带着内心的伤痛与遗憾离开了针灸研究所，离开了北京。1962年6月，中共中医研究院委员会发文为朱琏甄别平反，决定撤销原来对她的错误结论。