根据酶催化的反应类型，酶可以分六大类（表3-3）。

催化底物进行氧化还原反应的酶类，包括催化传递电子、氢以及需氧的反应。如脱氢酶、氧化酶、还原酶、过氧化物酶等。

催化底物间的基团转移或交换的酶类。如甲基转移酶、氨基转移酶、乙酰基转移酶等。

催化底物发生水解反应的酶类。按水解底物的不同可分为淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶等；对底物的作用部位的不同可进一步分为如蛋白酶的内肽酶和外肽酶等。

催化从底物移去一个基团并留下双键的反应或其逆反应的酶类。如脱水酶、脱羧酶、醛缩酶等。许多裂合酶的反应方向相反，一个底物去掉双键，并与另一个底物结合生成一个分子，这类酶常被称为合酶。

催化分子内部基团位置互变、光学或几何异构体互变以及醛酮异构的酶都属于异构酶类。如变位酶、异构酶、消旋酶等。

催化两分子底物合成一分子化合物，同时伴有ATP的高能磷酸键断裂释能的酶类。如谷氨酰胺合成酶、氨基酰-tRNA合成酶等。

酶学研究早期，酶的名称多由酶发现者确定。酶的习惯命名多是根据酶催化的底物、反应性质以及酶的来源而定，如脂肪酶、乳酸脱氢酶、胰蛋白酶等。这种命名法缺乏系统的规则，常出现混乱，有的名称不能完全说明酶促反应的本质。1961年国际酶学委员会（enzyme commission，EC）制定了酶的系统命名法，系统命名法强调标明酶的所有底物与反应性质。底物名称之间用“：”分隔。系统命名法不会产生歧义而且提供酶的确定信息，但过于复杂。为了应用方便，国际酶学委员会又从每种酶的数种习惯名称中选定一个简便而实用的名称作为推荐名称。现将一些酶的系统名称和推荐名称举例列于表3-3。